Der Vorstand führt die Geschäfte, vertritt die Interessen des ZIK in den Gremien der tragenden Institutionen (FSU, UKJ, HKI), gegenüber dem Freistaat Thüringen (TMBWK) und in der Öffentlichkeit. Er ist für die Umsetzung und Weiterentwicklung der Forschungsstrategie sowie die Nachhaltigkeit nach Ablauf der Förderung durch das BMBF verantwortlich. Weitere Aufgaben des Vorstandes sind das Qualitätsmanagement, die Personalentwicklung der Forschungsgruppenleiter, die Erarbeitung und Verabschiedung von Regeln zur wissenschaftlichen Nutzung der durch die klinische FG (Clinical Septomics) gewonnenen Blut- und Serumproben, die Entscheidung darüber im Konfliktfall und die Formulierung und Anwendung von Leistungs- und Zielkriterien für das wissenschaftliche Benchmarking. Der Vorstand verantwortet darüber hinaus die Patentsicherung und -anmeldung sowie die Öffentlichkeitsarbeit.
Hauptaufgabe des Kuratoriums ist die Beschlussfassung zur jährlichen Fortschreibung der Umsetzungsstrategie und die Erfolgskontrolle der Vorstandstätigkeit. Seine Mitglieder tragen zur Vernetzung des Zentrums mit den tragenden und fördernden Institutionen bei. Das Kuratorium ernennt die Mitglieder des Beirats.
Der wissenschaftliche Beirat berät das Kuratorium und den Vorstand. Er überprüft anhand jährlicher Forschungsberichte und Audits vor Ort die Einhaltung der geplanten Ziele und Meilensteine. Der Beirat berät bei der Anpassung der Forschungsstrategie an aktuelle wissenschaftliche Entwicklungen und berät den Vorstand bezüglich der Leistungs- und Zielkriterien für das wissenschaftliche Benchmarking.

• Prof. Dr. med. Konrad Reinhart, Sprecher des Vorstands
  Direktor der Klinik für Anästhesiologie und Intensivtherapie am Klinikum der Friedrich-Schiller-Universität Jena
• Prof. Dr. Axel A. Brakhage
  Direktor des Leibniz-Instituts für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie e.V. - Hans-Knöll-Institut, Jena
• Prof. Dr. med. Frank Martin Brunkhorst
  Leiter "Clinical Septomics"
• Prof. Dr. med. Oliver Kurzai
  Leiter "Fungal Septomics"
• Prof. Dr. med. Hortense Slevogt
  Leiterin "Host Septomics"
• Prof. Dr. med. E. Straube
  Direktor des Instituts für Medizinische Mikrobiologie am Klinikum der Friedrich-Schiller-Universität Jena

• Dr. Klaus Bartholmé
  Kanzler der Friedrich-Schiller-Universität Jena
• Prof. Dr. Klaus Benndorf
  Wissenschaftlicher Vorstand des Universitätsklinikums Jena und Dekan der Medizinischen Fakultät der Friedrich-Schiller-Universität Jena
• Dr. Wolfgang Eberbach
  Leiter der Abteilung "Wissenschaft, Hochschulen und Forschung" im Thüringer Ministerium für Bildung, Wissenschaft und Kultur (TMBWK)
• Dipl.-Ökonomin Elke Jäcksch
  Administrative Direktorin des Leibniz-Instituts für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie e.V. - Hans-Knöll-Institut (HKI), Jena

• Prof. Dr. med. Georg Peters
  Direktor des Instituts für Medizinische Mikrobiologie am Universitätsklinikum Münster
• Prof. Scott G. Filler, M.D.
  Professor in Residence for Medicine, David Geffen School of Medicine at UCLA, Torrance, Kalifornien, USA
• Prof. John C. Marshall, M.D.
  Professor of Surgery, Director of Critical Care Research at St. Michael's Hospital, Toronto, Ontario, Kanada
• Prof. Dr. med. Hans-Dieter Volk
  Direktor des Instituts für Medizinische Immunologie der Charité-Universitätsmedizin Berlin
• Prof. Dr. med. Niels C. Riedemann
  CEO / Geschäftsführender Gesellschafter der InflaRx GmbH, Jena